>> Центр коллективного пользования >> ПО ЦКП

Каталог webplus.info Яндекс.Метрика Академгородок


Программное обеспечение ЦКП

 

СПЕЦИАЛИЗИРОВАННЫЕ ПРОГРАММЫ ДЛЯ МИКРОСКОПИИ

Программное обеспечение AxioVision (рис. 15) предназначено для управления камерами Axiocam, получения изображений, улучшения их качества и других операций. Программа представляет собой основной блок и серию дополнительных модулей, может использоваться для решения широкого круга задач в биологии.

Особенности программы:

  • управление моторизованными компонентами микроскопов Carl Zeiss;
  • улучшение изображений с помощью фильтров: яркость/контрастность,  усиление резкости, удаление шумов, настройка цветовых каналов и т.д.;
  • нанесение на изображение текстовых и графических комментариев;
  • внутренний формат ZVI для хранения изображения, комментариев и результатов измерений в одном файле;
  • сохранение изображений в формате .jpg;
  • ручные измерения профиля интенсивности сигнала, длины, площади, периметра, радиуса окружности, углов, счет и расположение меток объектов;
  • возможность создания отчетов из программы.

 

Рис. 15. Интерфейс программы AxioVision.

Программа обработки и анализа изображения Zeiss Efficient Navigation (ZEN) выпускается с 2011 года вместо программного обеспечения AxioVision. Она предназначена для получения, обработки и анализа изображений, и управления моторизованными частями микроскопа Carl Zeiss (рис.16).

Программа позволяет:

Захват изображения с камеры, импорт/ экспорт изображений;

Измерения профиля интенсивности сигнала, длины, площади, периметра, радиуса окружности, углов, счет и расположение меток объектов.

Создание архивов, галереи изображений, отчетов, шаблонов печати, таблиц с данными.

 

Рис. 16. Интерфейс программы ZEN.

 

ПРОГРАММА ДЛЯ ОБРАБОТКИ ИЗОБРАЖЕНИЙ

Для получения и обработки изображений используется программа "SIAMS   Photolab"(специализированные электронные таблицы)с дополнительным модулем "SIAMS MesoPlant". Программа лицензионная, работает только с электронным ключом.

Изображения могут быть получены со сканера (последний предварительно калибруется), непосредственно с микроскопа (калибруется на каждое увеличение) или с файла фотографии (на ней обязательно должен быть поставлен масштаб). Программа позволяет автоматически или в ручном режиме проводить расчеты по нескольким параметрам: длина и ширина листа (цветка, семени, плода и т.п.), площадь и периметр, фактор формы, параметры жилкования, изрезанность листа и др. Результаты измерений выдаются в виде таблиц: таблицы с результатами измерений параметров каждого листа и таблиц со статистической обработкой данных – средних значений, среднего квадратичного отклонения, медианой и др. (рис. 17). Статистические данные при желании можно представить в виде столбчатой диаграммы – гистограммы.

Автоматически или в ручном режиме создается отчет.

 

Рис. 17. Интерфейс программы SIAMS Photolab.

 

ПРОГРАММА ДЛЯ АНАЛИЗА ХРОМОСОМ

Для измерения и анализа хромосом имеется программа MicroMeasureV. 3.3. Программа позволяет измерять общую длину хромосомы, длину короткого и длинного плеча, общую длину хромосомного набора, плечевой и центромерный индексы (рис. 18, 19). Для работы необходимы рисунки в графическом формате .bmp. Программа распространяется бесплатно.

Адрес сайта: http://sites.biology.colostate.edu/MicroMeasure

 

Рис. 18. Программа MicroMeasure Version 3.3.

 

Рис. 19. Интерфейс программы MicroMeasure.